Procesamiento de imágenes de microscopio y generación de imágenes 3D

Abstract

Scipion es una plataforma que contiene distintos protocolos para el procesamiento de imágenes con el fin de obtener modelos en dos y tres dimensiones de distintas partículas como proteínas, membranas, etc.... Durante este proyecto se han programado distintos wrappers con el objetivo de introducirlos en Scipion. Un wrapper es un código que realiza la ejecución de un script adecuando las entradas que recibe el programa y las salidas para que el usuario pueda ver los resultados dentro de Scipion. De entre los numerosos programas dedicados al procesamiento de imágenes de microscopios electrónicos, se ha elegido SIMPLE. SIMPLE es un programa muy similar a Scipion del que se han escogido distintos protocolos. Los protocolo de los que se han programado wrappers son: cleanUP2D, center, mask, refine3D y masscen. También se empezó a programar el wrapper a goCTF (programa no incluido en SIMPLE).

Scipion is a platform that contains different protocols for image processing in order to obtain models in two and three dimensions of different particles such as proteins, membranes, etc ... During this project different wrappers have been programmed in order to introduce them in Scipion. A wrapper is a code that performs the execution of a script adapting the inputs received by the program and the outputs so that the user can see the results in Scipion. Among the numerous programs dedicated to the processing of images of electronic microscopes, SIMPLE has been chosen. SIMPLE is a program very similar to Scipion from which different protocols have been chosen. The protocols from which the wrappers have been programmed are: cleanUP2D, center, mask, refine3D and masscen. The wrapper to goCTF (program not included in SIMPLE) was also started.